Православная гимназия во имя Иоанна Богослова является негосударственной некоммерческой образовательной организацией, которая имеет лицензию и государственную аккредитацию. Все средства, получаемые от деятельности частной школ, направляются на образование и развитие материально-технической базы гимназии.

Финансирование деятельности гимназии осуществляется за счет родительской платы и за счет выделения субсидий из бюджета г.Москвы. В соответствии с ППМ № 640 от 28.12.2011 субсидии из бюджета города в целях возмещения затрат в связи с предоставлением гражданам общего образования и бесплатного питания в период обучения выделяются школе в размере 6341 руб. в месяц на ребенка проживающего/зарегистрированного на территории г.Москвы. Дети не москвичи такую субсидию не получают, что и учитывается в стоимости обучения.